Licenciado en Ciencias de la Información por la Universidad de Navarra, obtuvo el Premio Nacional Fin de Carrera en 1963, tras graduarse en Periodismo con Premio Extraordinario. Durante años trabajó como periodista en diversos medios de comunicación y, posteriormente, fue asumiendo funciones directivas a nivel empresarial, hasta que decidió crear sus propias empresas.

En 1972, junto con otros periodistas, creó Informe Diario S.A., y Multipress S.A., empresas del sector de la comunicación que presidió hasta 1980. Desde 1973 a 1976 fue consejero del diario Sol de España, de Málaga, y consejero delegado del Diario de León. En 1976 pasó a dirigir Actualidad Española, y fue nombrado editor de Actualidad Económica, semanario que posteriormente compró con otros periodistas en 1977, dando origen al grupo Espacio Editorial S.A. (que en 1992 se transforma en el grupo Recoletos), y que presidió desde su fundación hasta 1991

Como presidente del grupo, interviene en el relanzamiento de Telva como mensual, en la compra del diario deportivo Marca, en la subasta de medios de comunicación del Estado, del que es vicepresidente de la empresa editora y director del periódico durante 1984 y 1985 y presidente desde entonces hasta 1991. Fue uno de los fundadores del diario económico Expansión (1986), del que fue su primer director y presidente de la sociedad editora hasta 1991.

También fue presidente-editor del Grupo Negocios y desde 1993 era presidente de Consejo de administración de Siena, S.A. (Servicios de Información Educativos), empresa editora de El Magisterio Español, el semanario más antiguo de España, que se publica ininterrumpidamente desde 1866, y del Anuario Español de la Educación.

Desde SIENA fundó la editora PRENSA JOVEN, S.L. para editar los periódicos MENOS 25 y MENOS 20, ambos de distribución gratuita, dirigidos a estudiantes universitarios y de bachillerato, respectivamente.

Juan Pablo de Villanueva fue un activo promotor de empresas y actividades profesionales del mundo de la comunicación y de la actualidad pública, y un creador de equipos de trabajo en ese campo.

Obra suya fue la Fundación Diálogos que durante los quince años de su presidencia,  realizó  en España más de un centenar de coloquios y reuniones con participación de personalidades españolas y extranjeras del mundo político, económico y periodístico.

Otra importante iniciativa profesional de Villanueva que impulso desde la Fundación Diálogos fue la organización y dirección del «Programa Balboa», escuela de perfeccionamiento de periodistas de los países hispanoamericanos de lengua española. En los siete cursos anuales del Programa Balboa, de un año de duración, , han tomado parte más de ciento cincuenta jóvenes periodistas e informadores de todos los países hispanos de América.

Juan Pablo de Villanueva a lo largo de más de cuarenta años de actividad profesional, fue un incansable promotor e inspirador de actividades y empresas periodísticas y de comunicación, junto al legado de la actividad social y educativa que promueve la Fundación Diálogos.